Δυστυχώς μέχρι σήμερα, μας είναι άγνωστη γραπτή μαρτυρία χρονολογίας κτίσεως της Μονής. Η αρχαιότερη χρονολογία ανήκει στο έτος 1676, γραμμένη στην εικόνα του Τιμίου Προδρόμου στο τέμπλο. Το δε αναλόγιο χρονολογείται από το 1695, αλλά έχουμε και χειρόγραφα του 14ου αιώνος. Ίσως μπορούμε να υποθέσουμε την ίδρυση της Βύλιζας στο α μισό του 17ου αιώνα.
Η Μονή είναι χτισμένη σε στενόμακρο σιάδι και στο χείλος απότομου γκρεμού πάνω από το Ματσουκιώτικο ποτάμι, σ'ένα τοπίο ιδιαίτερα άγριο όσο και γραφικό, 30΄ με 40΄ δυτικά του οικισμού Ματσούκι, ακολουθώντας το μονοπάτι της Μέσης. Η τοποθεσία της Βύλιζας αποτελούσε άλλοτε ομώνυμο οχυρό, σύμφωνα με την παροιμία που σώζεται μέχρι σήμερα: Κάστρο, Βύλιζα, χωριό Ματσούκι, Καλαρρύτες μαχαλάς και Συρράκο πέντε σπίτια. Η λέξη Βύλιζα προέρχεται από την λατινική vigilo, που σημαίνει αγρυπνώ, φρουρώ, βιγλίζω. Στα βλάχικα η αντίστοιχη λέξη είναι (α)βέγκλιου. Εάν οι Καλαρρύτες και το Συρράκο τοποθετούνται πριν ή πολύ πριν από τον 15ο αιώνα, τότε το Ματσούκι είναι πιο αρχαίο, ακόμη δε παλαιότερο το κάστρο της Βύλιζας.
Η είσοδος στη Μονή γίνεται από τα δυτικά, όπου υπάρχει και ο ξενώνας που στηρίζεται σε τρεις καμάρες, και από τον οποίο αγναντεύει κανείς την περιοχή. Εσωτερικά ευρύχωρο μπαλκόνι στηρίζεται σε τρεις πέτρινες καμάρες, επίσης παραδοσιακές. Η βόρεια πτέρυγα περιελάμβανε την τραπεζαρία και αποθηκευτικούς χώρους, ενώ στη νότια ήταν τα κελιά. Το ευρύχωρο αίθριο είναι στρωμένο με πλάκες.
Αφιερωμένο στη γέννηση του Τιμίου Προδρόμου είναι το παρεκκλήσιο που βρίσκεται λίγα βήματα έξω από τον περίβολο του Καθολικού, κομψό πέτρινο κτίσμα, σκεπασμένο με πλάκα, όπως όλα τα κτίσματα της Μονής. Είναι όλο τοιχογραφημένο από το 1737, δια χειρός των αυταδέλφων Γεωργίου και Στεργίου, από το γειτονικό χωριό Καλαρρύτες.